Это наследие семафорной сигнализации
На автомобильных светофорах красный сигнал помещен вверху как наиболее важный, чтобы первым привлекать внимание. На железнодорожных светофорах жесткого порядка цветов нет. Но обычно красный сигнал располагают под зеленым. Так сложилось на этапе перехода от механических семафоров к светофорам. Семафор открывает путь, когда его крыло поднято под углом 45°, и закрывает, когда опущено горизонтально. Поэтому было естественно расположить зеленый сигнал сверху, а красный внизу.