Можно ли считать вечным двигателем электроны, вращающиеся вокруг ядра?

Нет

Вечными двигателями называют воображаемые системы двух типов: либо создающие энергию из ничего, либо многократно использующие одну и ту же энергию, возвращая ее из тепловой формы в механическую или электрическую. В атоме ни того ни другого не происходит. Да и представление о вращении электронов по орбитам — сильное упрощение. Электроны в атоме просто обладают некоторыми фиксированными значениями энергии, которую у них нельзя отобрать, по крайней мере, без разрушения атома.